ปัญหาและอุปสรรคที่สำคัญของประชาคมอาเซียน

     1. ประเทศสมาชิกอาเซียน มีสภาพภูมิศาสตร์คล้ายคลึงกันจึงมีสินค้าเกษตรหรือแร่ธาตุที่คล้ายคลึงกัน บางครั้งจึงมีการแย่งตลาดกันเอง และสินค้าส่วนใหญ่เป็นผลผลิตทางการเกษตรที่ยังไม่ได้แปรรูป ทำให้ราคาสินค้าตกต่ำ นโยบายเขตการค้าเสรีในภูมิภาคนี้จึงดำเนินไปอย่างช้ามากจะแก้ไขปัญหานี้ได้ จะต้องมีการแบ่งการผลิตตามความถนัดของ แต่ละประเทศแล้วนำมาแลกเปลี่ยนกันจึงจะเกิดการรวมกลุ่มกันได้ แต่ถ้าต่างคนต่างผลิตโดยไม่มีการกำหนดมาตราฐานร่วมกันในการวางแผนการผลิตก็ ถือว่าเป็นปัญหาใหญ่ในการรวมกลุ่ม
     2. สินค้าอุตสาหกรรมในกลุ่มอาเซียนนั้นก็เป็นอุตสาหกรรมประเภทเดียวกัน แต่ ละประเทศต่างก็มุ่งจะพัฒนาประเทศให้เป็นประเทศที่พัฒนาแล้วตามแบบอย่างตะวัน ตก จึงต้องมีการจัดซื้อเทคโนโลยีชั้นสูง ประเทศในกลุ่มอาเซียนที่พอจะผลิตสินค้าเทคโนโลยีได้ก็คือสิงคโปร์ แต่ประเทศสมาชิกก็เกี่ยงว่ายังไม่มีคุณภาพ จึงจำเป็นที่จะต้องพึ่งพาสินค้าจากประเทศอุตสาหกรรมนอกกลุ่มอาเซียน ทำให้การค้าขายระหว่างกันในกลุ่มอาเซียนทำได้ยาก วิธีการแก้ไขจะต้องมีการแบ่งงานกันทำและยอมรับสินค้าประเทศในภูมิภาคเดียว กัน รวมทั้งจะต้องมีการพัฒนาคุณภาพสินค้าภายในกลุ่มประเทศอาเซียนให้ดีขึ้น
     3. ประเทศในอาเซียนพยายามพัฒนาอุตสาหกรรมภายในประเทศเพื่อทดแทนการนำเข้า แต่ ละประเทศพยายามส่งเสริม พัฒนา และคุ้มครองอุตสาหกรรมในประเทศตน โดยการใช้กำแพงภาษีหรือกำหนดโควต้า ซึ่งสวนทางกับหลักการในการรวมกลุ่มและตลาดการค้าเสรี ซึ่งเป็นประเทศสมาชิกมารวมกลุ่มกันต้องยกเลิกข้อเลือกปฏิบัติทางการค้า ระหว่างประเทศเพื่อก่อให้เกิดการค้าเสรี (Free Trade) ดังนั้นข้อตกลงใน AFTA ของอาเซียนหลายข้อจึงยังไม่ได้รับการปฏิบัติ
     4. ประเทศสมาชิกยังคงปกป้องผลประโยชน์แห่งชาติของตนเป็นหลัก และ การหารายได้เข้าของรัฐประเทศในอาเซียนมีลักษณะเหมือนกัน คือรายได้หลักของประเทศมาจากการเก็บภาษีศุลกากรสินค้าขาเข้าและขาออก ซึ่งการรวมกลุ่มเป็นประชาคมอาเซียนให้ยกเลิกการเก็บภาษีระหว่างกันหรือเก็บ ภาษีให้น้อยลง แต่ประเทศสมาชิกไม่สามารถสละรายได้ในส่วนนี้ได้ เนื่องจากเป็นเงินที่ต้องนำมาพัฒนาประเทศ การรวมกลุ่มเพื่อให้เกิดการค้าเสรีระหว่างประเทศในภาคีจึงยังทำได้ยาก
     5. ความแตกต่างกันทางการเมืองและการปกครองกฎบัตรอาเซียนได้กำหนดไว้ชัดเจนถึงหลักการประชาธิปไตยและให้ประเทศสมาชิกยึด มั่นต่อรัฐบาลที่มาจากวิถีทาง รัฐธรรมนูญ การสร้างประชาคมความมั่นคงอาเซียนก็จะช่วยยกระดับความร่วมมือในการส่งเสริม ประชาธิปไตยของแต่ละประเทศ อันมีผลต่อความสงบเรียบร้อยทางการเมืองในภูมิภาคด้วย แต่การปกครองของประเทศสมาชิกอาเซียนมีหลากหลายรูปแบบ ประกอบด้วย
      5.1 แบบประชาธิปไตยในระบบรัฐสภา มี 4 ประเทศ คือ ไทย กัมพูชา สิงคโปร์ และ มาเลเซีย
      5.2 ประชาธิปไตยในระบบประธานาธิบดี 2 ประเทศ คือ อินโดนีเซีย และฟิลิปปินส์
      5.3 เผด็จการสังคมนิยมคอมมิวนิสต์ 2 ประเทศ คือ ลาวและเวียดนาม
      5.4 เผด็จการทหาร 1 ประเทศ คือ เมียนมาร์ หรือพม่า
      5.5 สมบูรณาญาสิทธิราชย์ 1 ประเทศ คือ บรูไน
     สมาชิกในกลุ่มอาเซียนมีความแตกต่างกันอย่างเห็นได้ชัด สมาชิกบางประเทศยังมีปัญหาด้านความเป็นประชาธิปไตย และยังปกครองในรูปแบบเผด็จการและต้องการรักษาอำนาจของตนไว้ ทำให้อาเซียนพัฒนาได้อย่างยากลำบาก
     6. ความขัดแย้งระหว่างประเทศอาเซียนประเทศสมาชิกในกลุ่มอาเซียนยังมีปัญหาความขัดแย้งระหว่างประเทศอยู่ เช่น ปัญหาพรมแดนระหว่างประเทศไทย – กัมพูชา ปัญหาพรมแดนระหว่าง มาเลเซีย – ฟิลิปปินส์ – อินโดนีเซีย
     7. ความแตกต่างด้านสังคมและวัฒนธรรมภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้เป็นดินแดนซึ่งมีความหลากหลายทางเชื้อชาติ ศาสนา โดยสามารถแบ่งกลุ่มประเทศตามศาสนาที่ประชากรส่วนใหญ่ ของประเทศนับถือได้ ดังนี้
     - ประเทศที่ประชากรส่วนใหญ่นับถือศาสนาอิสลาม คือ บูรไน อินโดนีเซีย และมาเลเซีย
     - ประเทศที่ประชากรส่วนใหญ่นับถือศาสนาพุทธ คือ กัมพูชา ลาว พม่า เวียดนาม สิงคโปร์ และประเทศไทย
     - ส่วนในฟิลิปปินส์ประชากรส่วนใหญ่นับถือศาสนาคริสต์
     นอกเหนือจากความแตกต่างทางศาสนาแล้ว ปัญหาชนกลุ่มน้อยที่มีจำนวนมาก ซึ่งแน่นอนว่าย่อมจะมีความแตกต่างทางความเชื่อ วิถีชีวิต ภาษา ขนบธรรมเนียมประเพณีและวัฒนธรรม ก็เป็น อุปสรรคต่อการหลอมรวมสร้างความเป็นหนึ่งเดียว